违反公司规定被扣钱不合法，员工可以申请劳动仲裁。
申请劳动仲裁的方法如下：
1、在争议发生后一年内申请仲裁，当事人向有关部门递交仲裁申诉书；
2、仲裁委员会收到申诉书之日起五日内作出是否受理的决定；
3、仲裁庭开庭五日前书面通知双方当事人；
4、开庭，明确请求，答辩，调查事实，举证质证，辩论，陈述；
5、仲裁委员会进行调解；
6、仲裁委员会调解不成的，进行裁决；
7、当事人不服裁决的可以起诉。
申请劳动仲裁需要准备的材料如下：
1、申请书，申请书一式三份，递交仲裁委两份，申请人留存一份；
2、身份证明，申请人是劳动者的，应携带本人身份证明并提交复印件，有委托代理人的，还应提交授权委托书及委托代理人身份证明等；
3、劳动关系证明，如劳动合同、解除或终止劳动合同证明、工资发放情况证明、社会保险缴费证明、工作证、出入证等材料及相应复印件；
4、被申请人身份证明，申请人在申请劳动仲裁时，仲裁委根据立案审查的需要，要求申请人提交能够证明被申请人身份的有关材料的，申请人应尽可能提交；
5、送达地址确认书，申请人在递交申请书时应填写《送达地址确认书》，写明自己接收仲裁文书的详细地址、邮政编码和联系电话等内容。
综上所述，当事人发生劳动争议的可以向有关部门申请进行劳动仲裁，维护自己的合法权益，对仲裁结果有异议的可以申请起诉，向提交相应的证据材料。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民提起诉讼。